PD BPR Bank Daerah Gunungkidul yang sebelumnya bernama perusahaan Daerah Bank perkreditan Rakyat Bank Pasar Kabupaten Gunungkidul pada awal mulanya didirikan berdasarkan Peraturan Daerah Swatantra Tingkat II Gunungkidul No.3 Tahun 1960 yang disahkan dengan Surat Keputusan Kepala Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta No.379/II/1960 pada tanggal 23 Juli 1960. Pendirian PD BPR Bank Pasar Gunungkidul semula bertujuan untuk memberantas praktek rentenir yang menjerat pedagang golongan ekonomi lemah, petani, pegawai, dan pengusaha sehingga dapat mendorong usaha mereka untuk meningkatkan taraf hidup mereka.


Sebagaimana diketahui bahwa situasi politik pada kurun waktu Tahun 1959 belum stabil, sehingga sangat berpengaruh dalam kehidupan ekonomi. Keadaaan demikian terjadi hampir diseluruh daerah tak terkecuali di Kabupaten Gunungkidul, kondisi demikian mengakibatkan perekonomian masyarakat semakin bertambah parah.


Melihat keadaan yang ada pada tanggal 23 Juli 1960 Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta mengesahkan Peraturan Daerah Swatantra Tingkat II Gunungkidul No.3 Tahun 1960 Tentang Bank Pasar, walaupun secara resmi Peraturan Daerah tersebut telah berlaku akan tetapi mengingat kondisi politik yang belum stabil maka Peraturan Daerah tersebut belum dapat dilaksanakan. Pada tahun 1985 mulai timbul lagi gagasan untuk menjalankan Peraturan Daerah No.3 Tahun 1960 yang disesuaikan dengan peraturan perundang undangan yang berlaku.


PD Bank Pasar Gunungkidul mulai beroperasi tanggal 01 Juli 1985 dengan ditetapkannya Peraturan Daerah dan Surat Keterangan Melanjutkan Usaha bank Pasar dari Menteri Keuangan. Pada tahun 2000 Perda No.04 Tahun 1985 Tentang Perusahaan Daerah Bank Pasar kabupaten Gunungkidul diganti dengan Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul No.20 Tahun 2000 Tentang Perusahaan Daerah Bank Perkreditan Rakyat Bank Pasar Kabupaten Gunungkidul yang ditetapkan Tanggal 04 September 2000 oleh Bupati Kabupaten Gunungkidul dan Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul No.03 Tahun 2004 Perubahan atas Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul No.20 tahun 2000 Tentang Perusahaan Daerah Bank Perkreditan Rakyat Bank Pasar Kabupaten Gunungkidul.


Pada tanggal 1 Agustus 2008 PD BPR Bank Pasar Kabupaten Gunungkidul berganti nama menjadi PD BPR Bank Daerah Gunungkidul berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 8 tahun 2008 tentang Perusahaan Daerah Bank Perkreditan Rakyat Bank Daerah Gunungkidul.


Perubahan nama dari Bank Pasar Gunungkidul menjadi Bank Daerah Gunungkidul diharapkan merupakan langkah awal meningkatkan kecintaan masyarakat terhadap Bank Daerah Gunungkidul dalam rangka mewujudkan kesejahteraan masyarakat. Di samping itu dengan sebutan Bank Daerah Gunungkidul diharapkan lebih memasyarakat, sehingga mudah diingat dan akan menjadi perbankan yang dicintai oleh masyarakat gunungkidul.

Saat ini Bank Daerah Gunungkidul berkantor Pusat di Jl. Brigjend Katamso No 49, Wonosari Gunungkidul. Sampai dengan tahun 2014 Bank Daerah Gunungkidul sudah mempunyai 9 (sembilan) Kantor Pelayanan Kas yang tersebar di 9 (sembilan) Kecamatan, yaitu Kecamatan Patuk, Playen, Nglipar, Semin, Karangmojo, Rongkop, Tanjungsari, Saptosari, Panggang.